以下特殊情况可能影响孕期请病假的处理：
1. 公司无明确请假政策：若公司未在员工手册或劳动合同中明确病假申请流程，女职工按常理提交医疗证明请假，公司不得以此为由扣工资。这种情况下，公司需承担未明确规章制度的责任。
2. 孕期检查频繁影响工作：若孕期因特殊情况需频繁进行产前检查，超出常规频率，公司应根据实际情况灵活安排，不得以此扣除工资。例如，王女士因高危妊娠需每周进行一次产检，公司应允许其按规定计入劳动时间，不得视为缺勤。
3. 公司以“影响工作”为由拒批病假：若女职工有合法医疗证明，公司不得以“岗位无人替代”等理由拒绝批准病假，否则属违法行为，女职工可向劳动监察部门投诉。
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孕期请病假是否扣缺勤工资需结合法律规定与实际情况判断。以下为不同情形的详细说明：
1. 若孕期病假符合法定条件（凭医疗机构证明且经公司批准），公司不得扣缺勤工资。
2. 若孕期请假缺乏有效医疗证明，或未按公司流程申请获批，公司可能按事假或旷工处理并扣除相应工资。
3. 若孕期请假属于产前检查时间，所需时间计入劳动时间，公司不得扣除工资。
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孕期请病假时，以下错误操作可能损害自身权益：
1. 未保留医疗证明：仅口头请假或未妥善保存诊断书、休息证明，若公司质疑病假真实性，将无法有效举证，可能被按旷工处理。
2. 擅自离岗休息：未按公司流程提交请假申请就自行休息，即使有医疗证明，也可能因程序违规被扣除工资。
3. 混淆病假与产前检查：将产前检查时间按病假申请，或未告知公司产前检查安排，可能导致公司误扣工资。
若出现上述情况，建议尽快与公司沟通补正，或咨询律师明确维权路径。
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针对孕期请病假是否扣工资的问题，可依据相关法律规定进行分析：
根据《女职工劳动保护特别规定》（2012年）第六条，女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应根据医疗机构证明减轻劳动量或安排其他适应劳动；怀孕7个月以上女职工，用人单位不得延长劳动时间或安排夜班，并应安排休息时间；怀孕女职工在劳动时间内产前检查，所需时间计入劳动时间。同时，《工资支付暂行规定》第十五条明确，用人单位不得克扣劳动者工资，仅法定情形可代扣。因此，若孕期病假有合法医疗证明且符合公司流程，属法定保护范畴，公司扣工资违法；若为产前检查时间，更不得扣工资。

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